科學研究水平是衡量一個學校發展的重要指標，我校高度重視科研工作，緊緊圍繞國家、省市戰略，結合學校實際，深入推進科研體制改革。近年來，學校科學研究水平和整體科研實力都得到迅速發展。現有科研人員1200余人，建有包括科技部國際科技合作基地、教育部國別和區域研究中心、農業部重點實驗室、四川省重點實驗室、四川省工程技術研究中心、四川省工程實驗室、四川省2011協同創新中心等在內的各級各類科研平臺74個。

近五年來，承擔國家重點研發計劃及重大專項17項，國家自然科學基金89項（其中重點項目1項、面上項目19項），國家社科基金29項、國家藝術基金6項。國家自然科學基金和國家社會科學基金立項數均位居省內高校前十，國家藝術基金立項數位居省內高校前三。2019年科研經費2.48億元，近五年師均經費10.36萬元。近五年，獲得省部級及以上科研獎勵61項，其中一等獎8項，二等獎12項，三等獎41項， “超長壽命疲勞裂紋萌生機理與壽命預測”榮獲2018年度國家自然科學二等獎，“阿卡波糖原料和制劑生產的關鍵技術及產業化”榮獲2014年度國家科技進步二等獎，《“三禮”名物詞研究》入選2015年度《國家哲學社會科學成果文庫》；獲得專利授權近1200項。

2019年發表SCI 408篇，在2020年最新公布的自然指數Nature Index榜單中，位列在川高校第6位，全國高校第166位，全球高校第823位。多篇論文入選ESI高被引及熱點論文，并先后在《自然微生物》、《新英格蘭醫學雜志》、《柳葉刀》、《德國應用化學》等國際頂級學術期刊發表署名文章，ESI總被引頻次超過11000次。王清遠教授自2014年以來，連續六年入選中國“高被引學者”榜單。

2015年，學校為進一步推進科研體制創新改革，成立了高等研究院，旨在集聚和穩定一批專職科研隊伍，從事高端科學研究，形成 “科研特區”、“人才特區”， 圍繞國家、省市重大戰略及科學前沿問題，長期穩定地開展基礎研究、應用基礎研究和關鍵工程技術研究，促進我校科技競爭力跨越式發展，最終實現建成與國家級中心城市地位相匹配的高水平應用型綜合大學的建設目標。